Район создан 23 января 1935 года в составе Ставропольского края.
В 1957 году район был передан, вместе с территорией нынешнего Шелковского района, восстановленной Чечено-Ингушская АССР. Район граничит на востоке с Шелковским районом Чечни, на севере — с Ногайским районом Дагестана, на северо-западе — с Курским районом Ставропольского края, на юге, через реку Терек — с Грозненским и Надтеречным районами Чечни.
Наурский район находится в степной зоне, вдоль реки Терек преобладает лесостепь, на южных оконечностях станиц Наурская, Ищерская и села Алпатово есть крупные леса.
Известные в районе озёра: Майорское (недалеко от хутора Майорский), Генеральское (ближайшие населённые пункты — хутор Корнеев и село Селиванкино).